Peixoto é um dos alvos da ‘Operação Garrote’, do Grupo de Atuação Especial de Combate ao Crime Organizado (Gaeco), do Ministério Público, que investiga a criação da organização. Segundo o MP, ele cometia fraudes em licitação, lavagem de dinheiro e corrupção ativa e passiva, na prefeitura.
